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调节肠道微生态
在酸性条件下，壳寡糖分子中的游离氨基质子化，质子化按能与细菌带正电的细胞膜作用，干扰细菌细胞膜功能，造成细菌体内细胞质流失，对真菌和微生物的生长有抑制作用。 其抗菌活性与菌种和浓度有关，且随浓度加大其抗菌活性增强，高浓度时有杀菌作用。
甲壳低聚糖是BF的一种重要种类，它能调节动物肠道内微生物的代谢活动，改善肠道微生物区系分布，促进双歧杆菌生长繁殖，从而提高机体免疫力，使肠道内pH下降，抑制肠道有害菌生长，产生B族维生素，分解致癌物质，促进肠蠕动，增进蛋白质吸收。
改善肠道组织形态
提高动物的生产性能壳寡糖使回肠微绒毛密度增加，同时也有变细、变高的倾向。 微绒毛高度增加，密度加大，利于增大小肠的吸收面积，促进营养物质的吸收，提高饲料的利用率。
增强免疫功能
壳寡低聚糖的免疫增强作用目前己被许多学者证实，其抗感染作用机制有以下几种解释：壳寡糖刺激机体，促进腹膜渗出液的细胞数量增加，激活巨噬细胞，从而增加活性氧的生成，再通过氧化性杀菌机制产生作用；①壳寡糖对巨噬细胞的直接激活作用增加了巨噬细胞的杀伤活性；壳寡糖激活T淋巴细胞而显示杀伤活性， 且致敏 T细胞诱发迟发性超敏反应； 壳寡糖激活T淋巴细胞，从而促使巨噬细胞激活因子(MAF)的释放，进而激活巨噬细胞。在激活过程中，巨噬细胞直接被壳寡糖激活又能提高它对MAF的敏感性，使它进一步激活。因此认为壳寡糖的杀伤活性的产生主要是激活T淋巴细胞与巨噬细胞相互作用加强的结果。